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Charakterisierung humaner Perilymphe anhand des massenspektrometrisch analysierten Proteinprofils
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Veröffentlicht: | 30. März 2016 |
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Einleitung: Zur Entwicklung einer neuartigen Diagnostik von Erkrankungen des Innenohrs wird humane Perilymphe (PL) massenspektrometrisch analysiert, um PL-spezifische Protein-Biomarker zu evaluieren. Das PL-spezifische Proteinprofil wird per se charakterisiert und Unterschiede des PL-Profils bzgl. der individuellen Ursachen der Schwerhörigkeit der Patienten dargestellt.
Methoden: Humane PL-Proben werden intraoperativ bei CI-Operationen entnommen und der Proteingehalt über den dotMETRIC Assay (G-Biosciences) bestimmt. Die Proteine der PL werden anhand der Shot-gun proteomics Methode und eines Orbitrap Massenspektrometers (Thermo Fisher Scientific) identifiziert und über die Max Quant Software quantifiziert. Den Proteinen werden für eine strukturierte Darstellung Gene Ontology Annotations (GOA) (UniProt) zugeordnet. Parallel dazu können über die Raman-Spektroskopie (RS) die PL-Proben zunächst ex vivo und später in vivo und nicht-invasiv untersucht werden.
Ergebnisse: Die PL von 41 Patienten wurde massenspektrometrisch analysiert. Es wurden 878 Proteine identifiziert, die über GOA klassifiziert wurden. Die Proben wurden gruppiert (bzgl. Alter, Krankheitsursache und präoperativer Audiogramm-Daten der Patienten) und signifikant unterschiedliche Proteine funktionell charakterisiert. Erste Ergebnisse der RS belegen, dass Aminosäuren anhand ihres Spektrums differenzierbar sind und die Charakterisierung von Proteingemischen aussichtsreich ist.
Schlussfolgerungen: Die detaillierte Analyse von humaner PL im Vergleich zu den Referenzmedien CSF und Blutserum führte zu einem PL-spezifischen Proteinmuster. Für eine weitere Biomarkersuche müssen verstärkt PL-Proben von Patienten mit bekannter Krankheitsursache analysiert werden.
Unterstützt durch: DFG Exzellenzcluster 1077/1 Hearing4all
Der Erstautor gibt keinen Interessenkonflikt an.